O governo Bush foi surpreendido por uma decisão do Supremo Tribunal que reconhece os direitos dos prisioneiros de Guantanamo. A mais alta instância judicial do país proibiu o governo de continuar a manter os suspeitos presos por tempo indefinido na base americana em Cuba. A maioria dos detidos foi capturada no Afeganistão em 2001 e permanecem detidos, incomunicáveis, sem advogado e sem acusação formal. O Supremo determinou que os 600 supostos combatentes da Al-Qaeda têm direito a um advogado e a levar os seus casos a tribunal. Dois anos após as primeiras detenções, foram abertas apenas acusações contra três pessoas. O Pentágono libertou 134 detidos após acordos com os governos dos seus respectivos países e o mesmo poderá acontecer com outros brevemente, disse recentemente um porta-voz do Pentágono.
De acordo com os analistas, a administração Bush tentará resolver o assunto dos prisioneiros até às eleições presidenciais de 2 de Novembro de forma a não prejudicar ainda mais a sua imagem. "O Pentágono estava convencido que o Supremo Tribunal iria defender a sua posição (sobre Guantanamo) e foi apanhado de surpresa", refere o analista de defesa Larry Korb, sublinhando que ?o governo Bush deu-se conta de que perdeu tanto do ponto de vista legal como do ponto de vista das relações públicas".
Cabe agora ao governo americano decidir se os detidos serão julgados em tribunais militares ou civis, já que a decisão do Supremo Tribunal não é clara em relação a este assunto. "O Pentágono pode insistir na criação de tribunais militares para julgar os suspeitos", diz Jonathan Turley, professor de Direito da Universidade George Washington, ?mas se exigir que os encontros entre os detidos e os advogados sejam vigiados isso provocará certamente uma chuva de críticas contra o Pentágono e poderá prejudicar o desempenho eleitoral de Bush?.