Um dos ecossistemas mais ameaçados a nível planetário e que poderá, inclusive, pôr em risco a sobrevivência da espécie humana é o aquático. A análise da qualidade da água recorre, não só a factores químicos, como também a indicadores biológicos, por exemplo as populações de Macroinvertebrados Bentónicos.
A utilização destes indicadores baseia-se no pressuposto que a contaminação produz alterações estruturais e funcionais nas comunidades bentónicas, nomeadamente no número de indivíduos, na sua distribuição com implicações na organização e funcionamento dos ecossistemas aquáticos.
Essas comunidades apresentam elevada sensibilidade respondendo às alterações do biótopo, tais como o tipo de substrato, a velocidade da corrente e ainda as variações da qualidade da água. Estes indivíduos com uma elevada diversidade taxonómica apresentam diferentes graus de tolerância às variações da qualidade da água, de acordo com o grupo taxonómico a que pertence. Estes indicadores estão presentes em todos os sistemas aquáticos o que facilita os estudos comparativos, permitindo assim uma avaliação ampla e relativamente simples da qualidade ecológica dos recursos hídricos.

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